COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 18.389306 18.389306 20.272702
2021-03-22 17:00:00 6.994802 20.398346 20.308747
2021-03-21 17:00:00 21.410895 21.410895 20.339423
2021-03-20 17:00:00 20.398346 20.398346 20.380123
2021-03-19 17:00:00 21.939284 21.939284 20.495439
2021-03-18 17:00:00 20.691229 20.691229 20.506758
2021-03-17 17:00:00 19.589836 19.589836 20.453322

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 12.344058 12.344058 16.982868
2021-03-22 17:00:00 21.990741 10.253643 17.252956
2021-03-21 17:00:00 18.318630 18.318630 17.099774
2021-03-20 17:00:00 21.867612 21.867612 17.011343
2021-03-19 17:00:00 21.764092 21.764092 17.450178
2021-03-18 17:00:00 16.733068 24.112735 17.612943
2021-03-17 17:00:00 15.004936 15.004936 17.362430

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 20.934256 20.934256 20.656200
2021-03-22 17:00:00 11.111111 19.267516 20.514500
2021-03-21 17:00:00 19.459459 19.459459 20.425839
2021-03-20 17:00:00 23.407643 23.407643 20.400972
2021-03-19 17:00:00 16.315049 16.315049 20.093725
2021-03-18 17:00:00 25.942029 25.942029 19.727395
2021-03-17 17:00:00 17.573222 17.573222 19.303219

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 10.837607 10.837607 11.662823
2021-03-22 17:00:00 9.208973 5.924801 11.751156
2021-03-21 17:00:00 16.043614 16.043614 11.910436
2021-03-20 17:00:00 12.717883 12.717883 11.936788
2021-03-19 17:00:00 15.228838 15.228838 11.974583
2021-03-18 17:00:00 13.439787 13.439787 12.050322
2021-03-17 17:00:00 7.387141 7.387141 12.027914

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 15.001611 15.001611 15.504255
2021-03-22 17:00:00 36.799327 15.077388 15.443029
2021-03-21 17:00:00 15.847999 15.847999 15.656858
2021-03-20 17:00:00 16.241402 16.241402 15.852194
2021-03-19 17:00:00 12.898850 12.898850 16.231482
2021-03-18 17:00:00 13.696014 13.696014 16.440340
2021-03-17 17:00:00 20.120800 20.120800 16.758462

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 42.706360 62.679296 48.713137
2021-03-22 17:00:00 68.699319 68.699319 49.074149
2021-03-21 17:00:00 48.170012 48.170012 47.812299
2021-03-20 17:00:00 42.838019 42.838019 46.774702
2021-03-19 17:00:00 53.071417 53.071417 46.211389
2021-03-18 17:00:00 39.553055 39.553055 45.450242
2021-03-17 17:00:00 32.916328 32.916328 44.302411

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 18.079842 18.079842 21.790173
2021-03-22 17:00:00 29.347826 29.347826 21.954011
2021-03-21 17:00:00 20.554765 20.554765 21.829968
2021-03-20 17:00:00 21.282593 21.282593 21.926282
2021-03-19 17:00:00 21.885522 21.885522 21.859743
2021-03-18 17:00:00 24.338624 24.338624 21.862003
2021-03-17 17:00:00 20.836855 20.836855 21.891942

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 8.670117 8.670117 8.647810
2021-03-22 17:00:00 16.458065 6.925576 8.553647
2021-03-21 17:00:00 9.871717 9.871717 8.522324
2021-03-20 17:00:00 8.604640 8.604640 8.500009
2021-03-19 17:00:00 10.769837 10.769837 8.445097
2021-03-18 17:00:00 9.064044 9.064044 8.377882
2021-03-17 17:00:00 7.765943 7.765943 8.290751

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 13.215859 13.215859 12.667906
2021-03-22 17:00:00 21.319797 10.792952 12.465968
2021-03-21 17:00:00 17.949929 14.205607 12.395333
2021-03-20 17:00:00 16.630356 11.764706 12.311224
2021-03-19 17:00:00 15.288221 15.288221 12.347888
2021-03-18 17:00:00 11.452810 11.452810 12.349615
2021-03-17 17:00:00 11.358811 11.358811 12.303113

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 31.894589 31.894589 34.977492
2021-03-22 17:00:00 31.315085 63.002083 34.661051
2021-03-21 17:00:00 31.689360 31.689360 34.424769
2021-03-20 17:00:00 31.765949 31.765949 34.419790
2021-03-19 17:00:00 31.672598 31.672598 34.519014
2021-03-18 17:00:00 33.030800 33.030800 34.508874
2021-03-17 17:00:00 32.990448 32.990448 34.446733

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 15.237020 28.592927 20.390730
2021-03-22 17:00:00 31.812725 7.789536 20.529091
2021-03-21 17:00:00 24.196336 24.196336 20.334684
2021-03-20 17:00:00 22.181912 22.181912 20.386871
2021-03-19 17:00:00 23.736645 23.736645 20.545766
2021-03-18 17:00:00 23.475522 23.475522 20.599191
2021-03-17 17:00:00 18.476149 18.476149 20.536322

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 6.413302 6.413302 8.284188
2021-03-22 17:00:00 9.729730 9.729730 7.871353
2021-03-21 17:00:00 8.131241 8.131241 7.686027
2021-03-20 17:00:00 8.136483 8.136483 7.929283
2021-03-19 17:00:00 8.023483 8.023483 7.929615
2021-03-18 17:00:00 14.310954 14.310954 8.093329
2021-03-17 17:00:00 7.519531 7.519531 8.222502

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 7.884923 52.021090 45.490843
2021-03-22 17:00:00 0.024095 13.565891 46.814025
2021-03-21 17:00:00 43.930636 43.930636 47.787264
2021-03-20 17:00:00 46.215139 46.215139 49.158721
2021-03-19 17:00:00 59.905660 59.905660 50.224533
2021-03-18 17:00:00 53.054662 53.054662 51.800200
2021-03-17 17:00:00 45.533141 45.533141 52.723666

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 46.246973 46.246973 54.214758
2021-03-22 17:00:00 25.559105 25.559105 55.672833
2021-03-21 17:00:00 51.839465 51.839465 56.684686
2021-03-20 17:00:00 67.770419 67.770419 57.940944
2021-03-19 17:00:00 57.954545 57.954545 59.134038
2021-03-18 17:00:00 72.112676 72.112676 60.575164
2021-03-17 17:00:00 75.197889 75.197889 61.598767

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 22.296066 22.296066 23.219009
2021-03-22 17:00:00 31.694103 16.303998 23.010562
2021-03-21 17:00:00 28.923026 28.923026 23.039832
2021-03-20 17:00:00 22.646499 22.646499 22.906649
2021-03-19 17:00:00 28.270918 28.270918 23.134584
2021-03-18 17:00:00 25.658611 25.658611 23.077346
2021-03-17 17:00:00 24.038072 24.038072 23.018310

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 21.181263 21.181263 30.161951
2021-03-22 17:00:00 39.867737 39.867737 29.977908
2021-03-21 17:00:00 48.342714 48.342714 29.732731
2021-03-20 17:00:00 36.620499 36.620499 29.562765
2021-03-19 17:00:00 28.141258 28.141258 29.369026
2021-03-18 17:00:00 40.107879 32.055481 29.165021
2021-03-17 17:00:00 24.053267 24.053267 28.708510

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 7.542694 7.542694 6.235805
2021-03-22 17:00:00 12.096168 7.637571 5.989966
2021-03-21 17:00:00 7.625650 7.625650 5.890937
2021-03-20 17:00:00 4.206186 4.206186 5.738276
2021-03-19 17:00:00 6.027890 6.027890 5.570032
2021-03-18 17:00:00 6.859410 6.859410 5.478257
2021-03-17 17:00:00 4.435873 4.435873 5.292500

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 13.441919 13.441919 13.407750
2021-03-22 17:00:00 14.942787 11.920530 13.322259
2021-03-21 17:00:00 13.904913 13.904913 13.355500
2021-03-20 17:00:00 13.813814 13.813814 13.331363
2021-03-19 17:00:00 14.633731 14.633731 13.307254
2021-03-18 17:00:00 13.402412 13.402412 13.304305
2021-03-17 17:00:00 13.344710 13.344710 13.300342

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 12.014934 12.014934 12.870290
2021-03-22 17:00:00 17.319964 17.319964 12.747241
2021-03-21 17:00:00 13.677107 13.677107 12.645726
2021-03-20 17:00:00 13.582801 11.738778 12.509900
2021-03-19 17:00:00 12.280702 12.280702 12.358545
2021-03-18 17:00:00 13.200140 11.376723 12.147648
2021-03-17 17:00:00 12.284420 12.284420 11.951886

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 14.910026 14.910026 20.164024
2021-03-22 17:00:00 52.205882 20.462850 19.473508
2021-03-21 17:00:00 23.089431 23.089431 19.998931
2021-03-20 17:00:00 28.730823 28.730823 20.199677
2021-03-19 17:00:00 19.782609 19.782609 20.296830
2021-03-18 17:00:00 20.462850 20.462850 20.754662
2021-03-17 17:00:00 33.997901 19.832109 21.163650

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 7.425743 7.425743 14.337479
2021-03-22 17:00:00 39.694656 39.694656 15.112703
2021-03-21 17:00:00 11.666667 11.666667 15.472618
2021-03-20 17:00:00 18.373494 10.843373 15.516824
2021-03-19 17:00:00 29.439252 16.355140 15.895427
2021-03-18 17:00:00 19.170984 19.170984 16.117327
2021-03-17 17:00:00 10.698690 21.585903 15.801079

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-23 17:00:00 33.452442 33.452442 32.832615
2021-03-22 17:00:00 22.546541 43.691105 33.410343
2021-03-21 17:00:00 29.159772 29.159772 33.482823
2021-03-20 17:00:00 25.061305 25.061305 32.814622
2021-03-19 17:00:00 47.603675 47.603675 32.810756
2021-03-18 17:00:00 28.028012 28.028012 32.666305
2021-03-17 17:00:00 36.328967 36.328967 32.533671

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 12.344058 12.344058 16.982868
Basilicata 20.934256 20.934256 20.656200
Calabria 10.837607 10.837607 11.662823
Campania 15.001611 15.001611 15.504255
Emilia-Romagna 42.706360 62.679296 48.713137
Friuli Venezia Giulia 18.079842 18.079842 21.790173
Lazio 8.670117 8.670117 8.647810
Liguria 13.215859 13.215859 12.667906
Lombardia 31.894589 31.894589 34.977492
Marche 15.237020 28.592927 20.390730
Molise 6.413302 6.413302 8.284188
P.A. Bolzano 7.884923 52.021090 45.490843
P.A. Trento 46.246973 46.246973 54.214758
Piemonte 22.296066 22.296066 23.219009
Puglia 21.181263 21.181263 30.161951
Sardegna 7.542694 7.542694 6.235805
Sicilia 13.441919 13.441919 13.407750
Toscana 12.014934 12.014934 12.870290
Umbria 14.910026 14.910026 20.164024
Valle d'Aosta 7.425743 7.425743 14.337479
Veneto 33.452442 33.452442 32.832615

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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